Die Evangelische Kirchengemeinde St. Jakob Oettingen trifft sich mit der Katholischen Pfarrgemeinde St. Sebastian seit über 20 Jahren in einem Ökumenischen Arbeitskreis. Er besteht aus den beiden Pfarrern der evangelisch-lutherischen und der römisch-katholischen Kirche sowie aus je drei Vertreterinnen und Vertretern der beiden Pfarrgemeinden. Ökumene wird in Oettingen groß geschrieben. Seit den Zeiten der Reformation im 16. Jahrhundert bestehen in Oettingen zwei Pfarrgemeinden, die bis heute zahlenmäßig gleich groß sind.
Aufgaben des Ökumenischen Arbeitskreises sind neben den regelmäßigen Zusammenkünften die Planung und Durchführung der Ökumenischen Gottesdienste zur Förderung der Einheit aller Christen sowie Vortragsabende und Bibelwochen. Im Jahr 2009 fand der Gesprächsabend „Leben als katholische Ordensschwester – Leben in einer Evangelischen Bruderschaft“ besondere Beachtung. Außerdem wird das ökumenische Miteinander bei zahlreichen öffentlichen Anlässen sichtbar, wie bei Schulgottesdiensten, Vereinsjubiläen, Einweihungen und ökumenischen Trauungen. Der Maßstab für ökumenisches Handeln findet sich im Epheserbrief des Apostels Paulus: “Seid demütig, friedfertig und geduldig, ertragt einander in Liebe und bemüht euch, die Einheit des Geistes zu wahren durch den Frieden, der euch zusammenhält. Ein Leib und ein Geist, wie euch durch eure Berufung auch eine gemeinsame Hoffnung gegeben ist; ein Herr, ein Glaube, eine Taufe, ein Gott und Vater aller, der über allem und durch alles und in allem ist.“ (Eph 4, 2-6)